Laboratorium Farmasi Universitas Muhammadiyah Yogyakarta berlokasi di Gedung G1 Lantai 2. Di Laboratorium ini membawahi 5 disiplin keilmuan yaitu:
Kimia Farmasi
Biologi Farmasi
Farmakologi dan Toksikologi
Teknologi Farmasi dan Farmasetika
Mikrobiologi